Keskimääräinen ero maksimaalisen parsimonian ja suurimman todennäköisyyden välillä riippuu filogeneettisen puun kehittämisessä käytetystä menetelmästä. Suurin parsimonia keskittyy kokonaismerkkitilojen minimoimiseen filogeneettisen puun rakentamisen aikana, kun taas suurin todennäköisyys on tilastollinen lähestymistapa filogeneettisen puun piirtämisessä riippuen geneettisten tietojen todennäköisyydestä.
Fylogeny on uusi lähestymistapa organismien luokitteluun ja nimikkeistöön. Fylogenia perustuu geneettisiin tietoihin ja evoluutiosuhteisiin. Geneettiset tiedot ovat seurausta DNA-sekvensoinnista. Fylogeniassa organismien luokittelu tapahtuu yhteisen esi-isän perusteella. Maksimiparsimonia ja filogeneettisen suhteen suurin todennäköisyys lisää filogeneettisen puun tarkkuutta ja luotettavuutta.
