Keskeinen ero ubikinonien ja sytokromien välillä on, että ubikinonit (CoQ) eivät ole proteiineja, kun taas sytokromit ovat proteiineja.
Elektronikuljetusketju on aerobisen hengityksen viimeinen vaihe. Siksi se esiintyy mitokondrioiden sisäkalvossa. Lisäksi se koostuu elektronikantajista, jotka helpottavat protonigradientin tuottamista kalvon poikki. Muut kuin NAD ja flavoproteiinit, ubikinonit ja sytokromit ovat kahden tyyppisiä elektroninkantajia, jotka osallistuvat elektronien siirtoketjuun. Ubikinonit ovat ei-proteiiniliukoisia, hydrofobisia orgaanisia molekyylejä, kun taas sytokromit ovat rautaa sisältäviä proteiineja.
