Keskeinen ero muonien ja mesonien välillä on se, että muonit ovat eräänlaista alkeishiukkasia, joilla ei ole alirakennetta, kun taas mesonit ovat eräänlaisia hadronisia subatomisia partikkeleita, joissa on pari kvark- ja anti-kvarkipartikkeleita.
Muonit ja mesonit ovat kahden tyyppisiä hiukkasia aineessa. Muonit ovat eräänlaisia alkeishiukkasia, kuten elektroneja, emmekä voi jakaa niitä edelleen pienempiin rakenteisiin (kuten kvarkkeihin). Mutta mesonit ovat jonkin verran suurempia kuin muonit ja sisältävät kvarkki- ja antiquark-hiukkasia; siten ne kuuluvat eri luokkaan, nimeltään hadroniset subatomiset hiukkaset. Termi hadroni tarkoittaa, että se sisältää kaksi tai useampia kvarkihiukkasia, ja subatomiset hiukkaset ovat pienempiä kuin tomeja, jotka rakentavat atomin rakenteen.
