Keskeinen ero komplementaation ja rekombinaation välillä on se, että komplementaatio on kahden mutantin kyky yhdessä palauttaa normaali fenotyyppi, kun taas rekombinaatio on geneettisen materiaalin vaihto kromosomien välillä, mikä johtaa fyysisiin muutoksiin kromosomeissa.
Täydentäminen ja rekombinaatio ovat kaksi käsitettä, jotka tuottavat geneettisesti erilaisia organismeja. Komplementaatio palauttaa normaalin fenotyypin, kun kaksi mutanttia yhdistyy, kun taas rekombinaatio tuottaa organismin, jolla on muuttunut geneettinen rakenne, johtuen geneettisen materiaalin vaihdosta organismien välillä.