Keskeinen ero nukleosidi- ja nukleotidikäänteiskopioijaentsyymin estäjien välillä on se, että nukleosidikäänteiskopioijaentsyymin estäjät tulisi fosforylisoida isäntän solukinaasien avulla, kun taas nukleotidikäänteiskopioijaentsyymin estäjien ei tarvitse käydä läpi alkuvaiheen fosforylaatiota.
Käänteiskopioijaentsyymi on entsyymi, joka muuntaa RNA-molekyylin ssDNA: ksi. HIV: llä ja retroviruksilla on tämä entsyymi syntetisoida ssDNA RNA-genomistaan isäntäsolussa. Siten on mahdollista estää HIV: n ja muiden retrovirusten infektiot estämällä käänteiskopioijaentsyymin aktiivisuus estämällä siten viruksen genomien synteesi ja viruksen lisääntyminen. Käänteiskopioijaentsyymin estäjät ovat ryhmä antiretroviraalisia lääkkeitä, joita käytetään tällaisten virusinfektioiden hoitoon. Nämä lääkkeet kohdistuvat käänteiskopioijaentsyymiin ja estävät sen katalyyttisen vaikutuksen, estäen DNA: n synteesin virus-RNA: sta. Nukleosidi- ja nukleotidikäänteiskopioijaentsyymin estäjät ovat kahden tyyppisiä lääkkeitä. Nämä estäjät ovat erittäin tärkeitä, erityisesti aidsin hoidossa.