Tärkein ero loisjuurien ja mykoriisien välillä on, että loisjuuret ovat ei-fotosynteettisten loiskasvien juuret, kun taas mykoriisat ovat eräänlainen keskinäinen assosiaatio, joka esiintyy korkeamman fotosynteettisen kasvin juurien ja sienen välillä.
Parasitismi ja keskinäisyys ovat kaksi symbioottista yhdistystä, jotka ovat olemassa kahden yhdessä elävän eri lajin välillä. Loisuudesta on hyötyä vain loisille, koska loinen hankkii isännältä elintarvikkeita ja muita vaatimuksia vahingoittamalla sitä. Toisaalta molemminpuolisuus on hyödyksi molemmille yhdistyksessä oleville kumppaneille. Mykoriisat ovat eräänlainen keskinäinen assosiaatio, joka esiintyy korkeamman kasvin ja sienen välillä. Sieni elää korkeampien kasvien juurissa. Korkeammat kasvit tarjoavat ruokaa sienelle, kun taas sieni imee vettä ja ravinteita maasta kasveihin.
