Keskeinen ero protonin ja elektronin välillä on se, että protoni on subatominen hiukkanen, joka löytyy atomin ytimestä, kun taas elektronit ovat hiukkasia, jotka kiertävät ydintä.
Atomit ovat kaikkien olemassa olevien aineiden rakennuspalikoita. Atomi sisältää ytimen, jossa on protoneja ja neutroneja. Elektronit kiertävät orbitaalien ytimen ympärillä. Lisäksi ytimessä on muita pieniä subatomisia hiukkasia. Suurin osa atomin tilasta on tyhjä. Positiivisesti varautuneen ytimen (protoneista johtuvan positiivisen varauksen) ja negatiivisesti varautuneiden elektronien väliset vetovoimat ylläpitävät atomin muotoa.
