Keskeinen ero aineenvaihdunnan ja ruoansulatuksen välillä on se, että aineenvaihdunta on täydellinen organismin biokemiallisten reaktioiden sarja, kun taas pilkkominen on suurten liukenemattomien ruokamolekyylien hajoaminen pieniksi molekyyleiksi, jotka voivat imeytyä verenkiertoon.
Sekä aineenvaihdunta että ruoansulatus ovat tärkeitä prosesseja, joita esiintyy elävissä organismeissa. Kuten edellä mainittiin, aineenvaihdunta viittaa koko sarjaan kemiallisia ja fysiologisia reaktioita, jotka tapahtuvat elävässä organismissa, mukaan lukien eläimet ja kasvit. Ruoansulatus, joka on ruoan hajoaminen, on myös osa aineenvaihduntaa.