Keskeinen ero kloonisekvensoinnin ja haulikon sekvensoinnin välillä on niiden käyttäytymismenetelmässä. Kloonaaminen kloonisekvensointimenetelmällä käsittää kromosomien kartoituksen ja kloonauksen ennen sekvensointia, kun taas kloona ampuma-asesekvensoinnilla jätetään pois sekä kromosomikartoitus että kloonausvaiheet sekvensoinnin aikana.
Kloonaus kloonisekvenssoinnilla ja klooni haulikon sekvensoinnilla ovat kaksi nykypäivän genomin sekvensointimenetelmää. Kloonaus kloonisekvensoinnilla on luotettavampi sekvensointimenetelmä. Kloonausmenetelmä haulikon sekvensoinnilla on kuitenkin nopeampaa ja halvempaa. Artikkelissa keskitytään kloonien sekvensointiin kloonisekvenssillä ja haulikon sekvensointiin.
