Tärkein ero sinilevien ja vihreiden välillä on, että sinilevät ovat prokaryoottisia organismeja, jotka kuuluvat Kingdom Moneraan, kun taas vihreät levät ovat Kingdom Protistaan kuuluvia eukaryoottisia organismeja.
Fotosynteesi on fotoautotrofien osoittama prosessi. Se on prosessi, joka syntetisoi hiilihydraatteja (elintarvikkeita) sieppaamalla auringonvalosta tulevaa energiaa. Prosessi vaatii fotosynteettisten pigmenttien, CO 2: n ja veden läsnäolon. Photoautotrofeilla on fotosynteesipigmenttejä fotosynteesin suorittamiseksi. Fotoautotrofeja on kolme pääryhmää kasveina, syanobakteereina (sinilevät) ja levinä (mukaan lukien vihreät levät). Siksi sekä sinilevät että vihreät levät ovat fotosynteettisiä organismeja. Sinilevät ovat kuitenkin prokaryoottisia organismeja, kun taas vihreät levät ovat eukaryoottisia organismeja. Siksi sinilevien ja vihreiden levien välillä on ero niiden solujärjestelyn ja muiden ominaisuuksien perusteella.
