Keskeinen ero homologian ja bioinformatiikan samankaltaisuuden välillä on se, että homologia viittaa väitteeseen kahden sekvenssin yhteisestä evoluutioperheestä, kun taas samankaltaisuus viittaa kahden sekvenssin samankaltaisuuteen.
Bioinformatiikka on tieteenala, joka yhdistää biologian, tietotekniikan, tietojenkäsittelytieteen, matematiikan ja tilastotiedot biologisten tietojen analysoimiseksi ja tulkitsemiseksi. Homologia ja samankaltaisuus ovat kaksi termiä, joita käytämme bioinformatiikan alalla. Voimme helposti laskea samankaltaisuuden prosentteina samankaltaisista jäännöksistä kohdistuksen tietyllä pituudella. Emme kuitenkaan voi laskea homologiaa, koska se voi olla totta tai väärää ja riippuu yleensä käytetystä hypoteesista.
