Tärkein ero endotoksiinin ja eksotoksiinin välillä on se, että endotoksiini on lipopolysakkaridi, joka sijaitsee bakteerisoluseinässä, kun taas eksotoksiini on proteiini, joka erittyy bakteerisolun ulkopuolelle.
Toksigeneesi on prosessi, jolla patogeeniset bakteerit tuottavat toksiineja. Se on yksi tärkeimmistä mekanismeista, joita bakteerit käyttävät sairauksien aiheuttamiseen. Bakteerimyrkkyjä on kahta tyyppiä endotoksiineina ja eksotoksiineina. Endotoksiinin ja eksotoksiinin välillä on ero rakenteellisesti ja kemiallisesti. Lisäksi ne vaikuttavat eri tavoin eläviin organismeihin. Yleensä endotoksiinit ovat lipopolysakkarideja, kun taas eksotoksiinit ovat proteiineja.
