Keskeinen ero oligopeptidin ja polypeptidin välillä on, että oligopeptidit sisältävät vähän aminohappotähteitä, kun taas polypeptidit sisältävät suuren määrän aminohappotähteitä.
Termit oligopeptidit ja polypeptidit kuuluvat proteiinien luokkaan. Peptidit ovat lyhyitä aminohappoketjuja. Aminohapot sitoutuvat toisiinsa peptidisidosten kautta. Siksi voimme luokitella nämä peptidit näissä peptideissä olevien aminohappojen lukumäärän mukaan. Esimerkiksi dipeptidit, tripeptidit, tetrapeptidit, oligopeptidit ja polypeptidit.