Keskeinen ero säätelyproteiinin ja repressoriproteiinin välillä on se, että säätelyproteiini voi edistää tai estää geenien transkriptiota. Samaan aikaan repressoriproteiini estää yhden tai useamman geenin ilmentymisen.
Ennen kuin jatkat keskustelua säätelyproteiinin ja repressoriproteiinin välillä, keskustellaan lyhyesti geenisäätelystä. Geeni on spesifinen nukleotidisekvenssi, jossa geneettinen tieto on piilotettu proteiinin syntetisoimiseksi. Geenien ilmentymistä voidaan säätää eri tavoin. Eri mekanismien avulla solut kontrolloivat geenien ilmentymistä ja niiden ilmentymistasoja. Yleensä geenisäätely tapahtuu transkriptiotasolla. Sääntelyproteiini ja repressoriproteiini ovat kahden tyyppisiä proteiineja, jotka osallistuvat geenin säätelyyn transkriptiotasolla. Nämä säätelyproteiinit ja repressoriproteiinit sitoutuvat tiettyyn sekvenssiin geenin lähellä ja vaikuttavat geenin transkriptioon.
