Keskeinen ero prokaryoottisen ja eukaryoottisen DNA: n välillä on se, että prokaryootti-DNA kelluu vapaasti sytoplasmassa, kun taas eukaryoottinen DNA sijaitsee ytimen sisällä.
Eläviä organismeja on kaksi pääryhmää, kuten prokaryootit ja eukaryootit. Ne eroavat toisistaan solujärjestönsä mukaan. Vastaavasti prokaryooteilla on yksinkertainen soluorganisaatio. Niiltä puuttuu ydin ja membraaniin sitoutuneet organellit. Toisaalta eukaryooteilla on monimutkainen solujärjestö. Heillä on todellinen ydin, joka sisältää DNA: ta ja myös kalvoon sitoutuneita soluorganelleja. Kaikki prokaryootit ovat yksisoluisia, kun taas eukaryootit voivat olla yksisoluisia tai monisoluisia organismeja. Prokaryootit ja eukaryootit sisältävät pääasiassa DNA-genomeja. Heidän DNA on pakattu kromosomeihin. Koska prokaryooteilla ei ole ydintä, niiden DNA kelluu vapaasti sytoplasmassa. Eukaryooteissa kromosomit kuitenkin sijaitsevat ytimen sisällä. Siksi ydinkalvo sulkee kaiken eukaryoottisen DNA: n.
