Keskeinen ero prokaryoottisen ja eukaryoottisen genomin välillä on se, että prokaryoottinen genomi on läsnä sytoplasmassa, kun taas eukaryoottinen genomi rajoittuu ytimeen.
Genomi viittaa koko organismin DNA-kokoelmaan. Toisin sanoen genomi on organismin geneettinen materiaali, joka sisältää koko geneettisen tiedon. Suurimmalla osalla organismista on DNA: sta tehty genomi. Jotkut genomit ovat kuitenkin RNA-pohjaisia. Esimerkiksi tietyillä viruksilla on RNA-genomeja. Kun otetaan huomioon organismin koko geneettinen materiaali, se ei sisällä vain geenejä tai koodaavia sekvenssejä. Se sisältää sekä geenit että ei-koodaavat DNA-sekvenssit.
Koska geneettinen informaatio on genomissa geenien muodossa, geenit läpikäyvät transkription ja translaation proteiinien tuottamiseksi. Prokaryoottisten ja eukaryoottisten genomien ilmentämisprosessien välillä on ero. Lisäksi molempien genomien varastointi ja replikaatio ovat myös erilaisia prokaryoottien ja eukaryoottien välillä. Mutta DNA: n rakenne pysyy samana (Double Helix) molemmissa organismeissa. Tärkein ero prokaryoottisen ja eukaryoottisen genomin välillä on organismien solujärjestely ja genomin sijainti.
