Keskeinen ero prokaryoottisen ja eukaryoottisen topoisomeraasin välillä on topoisomeraasin solupohjainen alkuperä. Prokaryoottisia topoisomeraaseja on läsnä prokaryoottisoluista peräisin olevissa soluissa, kun taas eukaryoottisia topoisomeraaseja on läsnä organismeissa, joilla on eukaryoottinen solupohjainen solu. Lisäksi ne eroavat myös jakelusta. Prokaryoottisia topoisomeraaseja esiintyy solun sytoplasmassa, kun taas eukaryoottiset topoisomeraasit ovat jakautuneet ytimeen.
Isomeraasi on ryhmä entsyymejä, jotka katalysoivat molekyylien rakenteellista uudelleenjärjestelyä. Topoisomeraasi on yksi isomeraasityyppi. Se muuttaa DNA-molekyylin topologiaa säätelemällä DNA: n superkäämiä. Se leikkaa ja sulkee uudelleen DNA-dupleksin yhden tai molemmat säikeet. Siksi DNA kykenee replikoitumaan, transkriptioon, korjaamaan ja kromosomaalisesti. Topoisomeraaseja on kahta tyyppiä, nimittäin topoisomeraasi I ja II.
