Keskeinen ero geelisuodatuksen ja geelipermeaatiokromatografian välillä on se, että geelisuodatuskromatografian liikkuva faasi on vesiliuos, kun taas geelipermeaatiokromatografian liikkuva faasi on orgaaninen liuotin.
Sekä geelisuodatus että geelipermeaatiokromatografia kuuluvat koon poissulkemiskromatografian luokkaan, jossa voimme erottaa molekyylit liuoksessa niiden koon mukaan. Toisin sanoen voimme erottaa molekyylit niiden molekyylipainon mukaan. Yleensä käytämme näitä tekniikoita monimutkaisten molekyylien, kuten proteiinien, erottamiseen ja teollisessa mittakaavassa polymeerimateriaalien erottamiseen. Tärkein ero geelisuodatuksen ja geelipermeaatiokromatografian välillä on liikkuvassa faasissa, jota käytämme kussakin tekniikassa.
