Keskeinen ero alleelin ja lokuksen välillä on, että alleeli viittaa yhteen geenin kahdesta tai useammasta vaihtoehtoisesta sekvenssistä tietyssä lokuksessa, kun taas lokus viittaa tiettyyn kohtaan kromosomissa, josta geeni löytyy.
Geenien muodossa geneettinen tieto periytyy vanhemmilta jälkeläisille. Geenit ovat spesifisiä nukleotidisekvenssejä, jotka sijaitsevat kromosomeissa. Organismin genomista löytyy monia geenejä. Niiden järjestely genomissa on tarkka, ja geenin sijainti voidaan helposti löytää käyttämällä geneettistä merkkiainetta. Lisäksi tietyllä geenillä voi olla erilaisia versioita, joita kutsumme alleeleiksi. Geenin erityinen sijainti kromosomissa on myös erittäin tärkeä, ja me kutsumme sitä lokukseksi.
