Keskeinen ero alleelin ja genotyypin välillä on, että alleeli on yksi geenin muunnosmuodoista, joka sijaitsee samassa kromosomin geneettisessä paikassa, kun taas genotyyppi on tietyn ominaisuuden geneettinen rakenne.
Genetiikka on geenien ja perinnöllisten rakenteiden tutkimus organismeissa. Kromosomit ovat rakenteita, jotka sisältävät organismin geneettisen tiedon. Siksi eukaryooteissa genomissa on tietty määrä kromosomeja. Jokaisessa kromosomissa on tuhansia geenejä, jotka ovat kromosomien spesifisiä alueita. Itse asiassa geenit ovat genetiikan rakenteellisia yksiköitä, jotka tallentavat geneettistä tietoa proteiinien tuottamiseksi. Jokaisella geenillä on kaksi kopiota kummastakin vanhemmasta.
Samalla tavalla alleeli on muunnos geenistä tai geenimuodosta. Lisäksi jokaisella geenillä on kaksi alleelimuotoa, jotka määrittävät geenin koodaaman ominaisuuden. Siksi genotyyppi on organismin geneettinen rakenne, joka määräytyy alleelien jakautumisen perusteella eri geeneissä.
