Keskeinen ero R- ja S-konfiguraation välillä on se, että R-konfiguraatio on R-isomeerin alueellinen järjestely, jolla on suhteellinen prioriteettijärjestys myötäpäivään, kun taas S-konfiguraatio on S-isomeerin spatiaalinen järjestely, jolla on suhteellinen prioriteettisuunta järjestä vastapäivään. Tässä prioriteettijärjestyksen suhteellinen suunta on substituenttien prioriteettien laskeva järjestys.
R- ja S-isomeerit ovat orgaanisia molekyylejä, joilla on kiraalinen keskus, joka on hiiliatomi, johon on kiinnitetty neljä erilaista substituenttia. Nämä substituentit listataan prioriteettinsa mukaan (prioriteetti määritetään käyttämällä alla kuvattuja CIP-sääntöjä).
