Keskeinen ero epistasiksen ja pleiotropian välillä on, että epistasis on ilmiö, jossa yksi geeni yhdessä lokuksessa muuttaa geenin fenotyyppistä ilmentymistä toisella lokuksella, kun taas pleiotropia selittää ilmiön, jossa yksittäinen geeni vaikuttaa useisiin fenotyyppisiin piirteisiin.
Epistasis ja pleiotropia ovat kaksi genetiikan ilmiötä. Epistasis esiintyy, kun useampi kuin yksi geeni määrittää yhden fenotyypin. Siksi epistasissa yksi geeni vaikuttaa toisen geenin ilmentymiseen, joka sijaitsee eri lokuksessa. Sitä vastoin pleiotropiaa esiintyy, kun yksi geeni määrittää useita fenotyyppejä. Siksi yksi geeni vaikuttaa moniin ominaisuuksiin. Sekä epistasis että pleiotropia ovat muunnelmia Mendelin perinnöstä.
