Tärkein ero aloituskodonin ja lopetuskodonin välillä on se, että aloituskodoni on trinukleotidisekvenssi, joka merkitsee proteiiniksi kääntyvän sekvenssin alun, kun taas lopetuskodoni on trinukleotidisekvenssi, joka merkitsee proteiiniksi kääntyvän sekvenssin loppua.
Geenin geneettinen koodi sisältää ohjeet, joita tarvitaan tietyn proteiinin valmistamiseen. Se sisältää trinukleotidisekvenssejä, jotka tunnetaan koodoneina. Jokainen kodoni määrittelee aminohapon. Aminohapot ovat proteiinin rakennuspalikoita. Kunkin geenin geneettinen koodi alkaa aloituskodonilla ja päättyy lopetuskodonilla. Siksi alkukodoni merkitsee paikan, josta translaatio proteiiniksi alkaa. Stop-kodoni puolestaan merkitsee paikkaa, jossa proteiiniksi kääntyminen loppuu. Siksi voimme tunnistaa nämä kaksi kodonia kahtena välimerkkinä geneettisessä koodissa. Molemmat ovat spesifisiä trinukleotidisekvenssejä.
