Keskeinen ero CDS: n ja cDNA: n välillä on se, että CDS tai koodaava sekvenssi on transkriptin osa, joka todella käännetään proteiiniksi, kun taas cDNA-sekvenssi on DNA-sekvenssi, joka on johdettu mRNA: sta käänteiskopioinnin avulla.
Geeni on nukleotidisekvenssi, joka koodaa proteiinia. Se koostuu eri alueista promoottorialueena, transkription aloituskohdana, eksoneina, aloituskodonina, introneina ja lopetuskodoneina. Siksi geenillä on sekä koodaavia että koodaamattomia sekvenssejä. Koodaavat sekvenssit tai CDS viittaavat eksoneihin ja kahteen kodoniin, jotka ovat aloituskodoni ja lopetuskodoni. Se on sekvenssi, joka todella käännetään proteiiniksi. Sitä vastoin cDNA on DNA-sekvenssi, joka on johdettu mRNA: sta käänteiskopioinnin avulla.
