Keskeinen ero DNA: n ja cDNA: n välillä on se, että DNA sisältää sekä eksoneja että introneja, kun taas cDNA sisältää vain eksoneja.
DNA ja cDNA ovat kahden tyyppisiä nukleiinihappoja, jotka koostuvat deoksiribonukleotideista. DNA on yksi tärkeimmistä elävien organismien makromolekyyleistä, joka tekee genomista. Genomi sisältää organismin yleisen geneettisen tiedon. Se muodostaa erityyppisiä sekvenssejä, mukaan lukien eksoneja, jotka ovat koodaavia sekvenssejä, ja introneja, jotka ovat koodaamattomia sekvenssejä. Toisaalta cDNA tai komplementaarinen DNA on toinen DNA-muoto, jonka tutkijat syntetisoivat keinotekoisesti mRNA-molekyyleistä. Koska cDNA on peräisin mRNA-templaateista, se ei sisällä ei-koodaavia sekvenssejä tai introneja.