Tärkein ero synthonin ja synteettisen ekvivalentin välillä on se, että synthon on osa kemiallista yhdistettä, joka voidaan muodostaa tunnetulla synteettisellä prosessilla, kun taas synteettinen ekvivalentti on reagenssi, joka suorittaa synthonin toiminnan.
Termit synthon ja synteettinen ekvivalentti kuuluvat retrosynteettisen analyysin haaraan. Se on tekniikka, joka on hyödyllinen orgaanisen synteesiprosessin suunnittelussa syntyvien ongelmien ratkaisemisessa. Tässä analyysitekniikassa meidän on muutettava kohdemolekyyli yksinkertaiseksi rakenteeksi ilman reagenssin vuorovaikutuksen vaikutusta. Joskus käytämme termejä synthon ja synteettinen ekvivalentti vaihtokelpoisesti, mutta ne ovat kaksi eri komponenttia.
