Keskeinen ero BCAA: n ja aminohappojen välillä on se, että BCAA on haarautuneen ketjun aminohappo, jolla on alifaattisia sivuketjuja haaralla, kun taas aminohapot ovat orgaanisia yhdisteitä, jotka sisältävät amiiniryhmiä, karboksyyliryhmiä ja spesifisen sivuketjun.
Aminohapot ovat proteiinien rakennuspalikoita. Aminohapon sivuryhmä (R) määrää aminohapon ominaisuudet. Siksi tämä sivuryhmä on spesifinen aminohapoille. Toisin sanoen eri aminohapoilla on erilaiset sivuryhmät. BCAA: lla on kuitenkin ylimääräinen ainutlaatuisuus; keskeinen hiiliatomi, joka on sitoutunut kolmeen tai useampaan hiiliatomiin.
