Keskeinen ero glukogeenisten ja ketogeenisten aminohappojen välillä on, että glukogeeniset aminohapot tuottavat pyruvaattia tai muita glukoosin esiasteita kataboliansa aikana, kun taas ketogeeniset aminohapot tuottavat asetyyli-CoA: ta ja asetoasetyyli-CoA: ta katabolian aikana.
Aminohapot ovat perusmolekyylejä, jotka muodostavat proteiinien ja polypeptidien kemiallisen rakenteen. Vaikka aminohapoille on erilaisia luokituksia, voimme luokitella ne gluko- geenisiksi ja ketogeenisiksi aminohapoiksi riippuen välituotteista, joita ne muodostavat kataboliansa aikana. Kuten edellä mainittiin, aminohappojen katabolian lopputuote antaa kahdenlaisia välituotteita; joko pyruvaatti (tai muihin glukoosin esiasteisiin) tai asetyyli-CoA ja asetoasetyyli-CoA.