Keskeinen ero perustajavaikutuksen ja pullonkaulavaikutuksen välillä on se, että perustajavaikutus tapahtuu, kun pieni joukko populaatioita hajoaa alkuperäisestä populaatiosta ja muodostaa uuden, kun taas pullonkaulavaikutus tapahtuu, kun populaatio supistuu merkittävästi pienempään johtuen luonnonkatastrofit, kuten maanjäristykset, tulvat ja tulipalot.
Geneettinen ajelehtiminen on ilmiö, jota esiintyy paljon todennäköisemmin pienissä populaatioissa ja todennäköisemmin suurissa populaatioissa. Pohjimmiltaan se tapahtuu alleelitaajuuksien satunnaisten muutosten vuoksi, mikä voi johtaa joidenkin geenien katoamiseen pienistä populaatioista. Lopulta geneettinen ajautuminen aiheuttaa vähemmän geneettistä monimuotoisuutta ja vaihtelua populaatioissa. se aiheuttaa myös joidenkin geenimuunnosten katoamisen kokonaan populaatioista. Lisäksi se voi aiheuttaa joidenkin harvinaisten alleelien yleistymisen ja jopa kiinnittymisen. Pullonkaulavaikutuksena ja perustajavaikutuksena on kahden tyyppinen geneettinen ajelehtiminen. Ne aiheuttavat väestön äärimmäistä vähenemistä.
