Tärkein ero helikaasin ja topoisomeraasin välillä on se, että helikaasi on entsyymi, joka erottaa kaksi DNA: n komplementaarista säikettä rikkomalla vetysidoksia kahden juosteen emästen välillä, kun taas topoisomeraasi on entsyymi, joka poistaa DNA: n purkamisprosessin aikana muodostuneet positiiviset ja negatiiviset superkäämit leikkaamalla ja suljetaan yksi tai molemmat DNA-dupleksin säikeet.
DNA on kaksoiskierre. Se esiintyy kahdessa komplementaarisessa säikeessä, jotka on sidottu toisiinsa vetysidosten kautta. DNA: n replikaatio, transkriptio ja DNA: n korjaaminen edellyttävät kahden säikeen erottamista toisistaan uusien kopioiden tekemiseen, mRNA: n tekemiseen ja nukleotidien lisäämiseen korjaamiseksi. Kaksi entsyymiä helikaasi ja topoisomeraasi tulevat esiin tässä vaiheessa. Siksi sekä helikaasi että topoisomeraasit ovat välttämättömiä DNA: n purkamisessa. Helikaasi erottaa kaksisäikeisen DNA: n yksisäikeisiksi katkaisemalla vetysidokset nukleotidiemäsparien välillä kaksijuosteisessa DNA: ssa. Sitä vastoin topoisomeraasi purkaa DNA: n kierteen ja helpottaa DNA: n superkäämin luonnetta leikkaamalla DNA-fosfaattirungon joko yhteen tai molempiin säikeisiin.
