Tärkein ero melatoniinin ja serotoniinin välillä on se, että melatoniini on hormoni, joka auttaa meitä nukahtamaan, kun taas serotoniini on välittäjäaine, joka auttaa meitä tuntemaan olonsa hereillä, kun nousemme seuraavana päivänä.
Melatoniini on välittäjäaineen kaltainen aine. Se on hormoni, joka kasvaa pimeässä. Serotoniini on välittäjäaine, joka toimii päinvastoin kuin melatoniini. Serotoniinitaso nousee auringonvalossa. Sekä melatoniini että serotoniini säätelevät erilaisia toimintoja kehossamme, kuten ruokahalua, mielialaa ja unta. Lyhyesti sanottuna melatoniini on aine, joka auttaa meitä menemään nukkumaan, kun taas serotoniini on aine, joka auttaa meitä tuntemaan olosi hereillä seuraavana aamuna.