Keskeinen ero eukaryoottisten ja prokaryoottisten organismien välillä on se, että eukaryoottisilla organismeilla on todellinen ydin ja membraaniin sitoutuneet organellit, kun taas prokaryoottisilla organismeilla ei ole ydintä ja membraaniin sitoutuneita organelleja.
Kaikki elävät organismit kuuluvat kahteen luokkaan, nimittäin prokaryootit tai eukaryootit. Prokaryoottisilla organismeilla on yksinkertainen solujärjestö, kun taas eukaryoottisilla organismeilla on monimutkainen solujärjestö. Lisäksi prokaryootit ovat yksisoluisia, ja niiltä puuttuu ydin ja membraaniin sitoutuneet organellit. Toisaalta eukaryootit ovat yleensä monisoluisia ja sisältävät todellisen ytimen ja membraaniin sitoutuneet organellit, kuten kloroplastit, mitokondriot ja endoplasmiset retikulumit jne. Prokaryootit sisältävät bakteereja ja Archaeaa, kun taas eukaryootit sisältävät protisteja, sieniä, kasveja ja eläimiä. Edellä mainittujen erojen lisäksi prokaryoottien ja eukaryoottien välillä on enemmän eroja. Siksi prokaryoottisten ja eukaryoottisten organismien erojen ymmärtäminen on erittäin tärkeää. Tämän artikkelin tarkoituksena on keskustella eukaryoottisten ja prokaryoottisten organismien eroista.