Keskeinen ero GFP: n ja EGFP: n välillä on se, että GFP on villityypin proteiini, joka on sisällytetty ei-nisäkässolujen molekyylikloonaukseen, kun taas EGFP on parannettu tai muokattu GFP-tyyppi, jota voidaan käyttää nisäkässoluissa.
Molekyylikloonaus on edistynyt tekniikka, jota tutkijat käyttävät valtavasti proteiinien ilmentämisessä rekombinanttitekniikan avulla. Rekombinantti-DNA-tekniikassa on välttämätöntä transformoida rekombinanttivektori onnistuneesti isäntäorganismiin. Siksi transformaatioprosessin aikana tulisi tunnistaa ja vahvistaa, onko mielenkiinnon kohteena oleva geeni transformoitu isännälle vai ei. Tämän arvioimiseksi molekyylibiologit omaksuvat useita tekniikoita. Näistä tekniikoista yksi on reportterigeeni. Nämä reportterigeenit toimivat valittavina markkereina oikeiden transformanttien valitsemiseksi. Siten vihreä fluoresoiva proteiini (GFP) ja tehostettu vihreä fluoresoiva proteiini (EGFP) ovat kaksi reportteriproteiinia, joita käytetään molekyylikloonauksessa.
