Keskeinen ero polyatomisten ionien ja yhdisteiden välillä on se, että polyatomisilla ioneilla on joko positiivinen tai negatiivinen sähkövaraus, kun taas yhdisteillä ei ole nettosähkövarausta.
Polyatominen ioni on termi, jota käytämme nimeämään kemiallisia lajeja, jotka sisältävät vähintään kaksi atomia, joilla on negatiivinen tai positiivinen nettovaraus. Tämän ionin sähkövaraus on seurausta kussakin atomissa läsnä olevien elektronien lukumäärästä; jos elektroneja on enemmän kuin atomien protonien kokonaismäärä, se saa negatiivisen nettovarauksen ja päinvastoin. Yhdisteet ovat toisaalta kemiallisia lajeja ilman sähkövarausta. Heillä on sama määrä elektroneja ja protoneja.
