Keskeinen ero ionisten ja binaaristen yhdisteiden välillä on se, että ioniset yhdisteet sisältävät kaksi varautunutta komponenttia, kun taas binaariset yhdisteet sisältävät kaksi erilaista kemiallista alkuaineita.
Ioniyhdisteet ovat binäärisiä yhdisteitä, jotka kuuluvat kahteen eri luokkaan. Ioniset yhdisteet kuuluvat kovalenttisten yhdisteiden alle, kun analysoimme kemiallisia yhdisteitä molekyylissä olevien kemiallisten sidosten tyypin mukaan. Toisaalta binaariset yhdisteet kuuluvat yhdisteiden luokitukseen molekyylissä olevien kemiallisten alkuaineiden mukaan.