Tärkein ero - RAPD vs. RFLP
Geneettisiä markkereita käytetään molekyylibiologiassa yksilöiden ja lajien välisten geneettisten vaihtelujen tunnistamiseksi. Satunnaistettu amplifioitu polymorfinen DNA (RAPD) ja restriktiofragmenttipituuden polymorfismi (RFLP) ovat kaksi tärkeää molekyylimarkkeria, joita rutiininomaisesti käytetään laboratorioissa. RAPD suoritetaan lyhyillä ja mielivaltaisilla oligonukleotidialukkeilla, ja se perustuu monien sijaintien satunnaiseen monistamiseen organismin templaatti-DNA: ssa. RFLP suoritetaan spesifisellä restriktioendonukleaasilla, ja se perustuu saatujen restriktiofragmenttien ja hybridisaation polymorfismiin. Keskeinen ero RAPL: n ja RFLP: n välillä on, että RAPD on eräänlainen PCR-tekniikka, joka suoritetaan ilman edeltävää sekvenssitietoa, kun taas RFLP ei ole mukana PCR: ssä ja vaatii aikaisempaa sekvenssitietoa tekniikan suorittamiseksi.
SISÄLTÖ
1. Yleiskatsaus ja keskeinen ero
2. Mikä on RAPD
3. Mikä on RFLP
4. Vertailu rinnakkain - RAPD vs. RFLP
5. Yhteenveto
Mikä on RAPD?
RAPD on hyödyllinen molekyylimarkkeri molekyylibiologiassa. Se on nopea ja helppo tekniikka. RAPD voidaan määritellä menetelmäksi, joka johtaa polymorfisiin DNA-sekvensseihin kohde-DNA-templaatin useiden sijaintien satunnaisen monistuksen seurauksena. RAPD käyttää lyhyitä oligonukleotidialukkeita mielivaltaisilla sekvensseillä PCR-monistukseen. Alukkeet syntetisoidaan keinotekoisesti ilman edeltävää sekvenssitietoa. Siksi sitä pidetään helppona ja hyödyllisenä tekniikkana.
Seuraavat tärkeät vaiheet liittyvät RAPD: hen.
- Kohde-DNA: n uuttaminen
- Kohde-DNA: n monien sijaintien amplifikaatio satunnaisesti valituilla alukkeilla
- Monistettujen PCR-tuotteiden geelielektroforeesi
- Värjäys etidiumbromidilla ja polymorfismin tunnistaminen
Alukkeen pariutumisen vaihtelun seurauksena amplifikaation aikana syntyy erilaisia fragmentteja, joiden pituus on erilainen. Siksi geelien nauhakuviot ovat erilaiset yksilöiden ja lajien välillä. Siten RAPD mahdollistaa organismien geneettisen vaihtelun havaitsemisen tunnistamisessa ja erilaistamisessa.
RAPD: tä käytetään erilaisissa molekyylibiologian tutkimuksissa, kuten läheisten sukulaislajien geneettisen eron tunnistamisessa, geenikartoituksessa, DNA: n sormenjälkien ottamisessa, perittyjen sairauksien tunnistamisessa jne.
Kuva 01: RAPD
Mikä on RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) on molekyylimarkkeri, jota käytetään molekyylibiologiassa geneettisen vaihtelun tunnistamiseksi homologisissa DNA-sekvensseissä. Se on ensimmäinen geneettinen markkeri, joka on kehitetty DNA-sormenjälkien ottamista varten. Kaikki organismit tuottavat ainutlaatuisia DNA-profiileja, kun ne on rajoitettu spesifisillä restriktioentsyymeillä. RFLP toimii tärkeänä työkaluna yksilöiden yksilöllisten DNA-profiilien tuottamisessa ja geneettisen vaihtelun havaitsemisessa heidän keskuudessaan. Kun DNA-näytteet pilkotaan spesifisillä restriktioendonukleaaseilla, se tuottaa erilaisia DNA-profiileja, jotka ovat yksilöllisiä kullekin yksilölle. Siksi tämän menetelmän pääperiaate on geneettisen vaihtelun havaitseminen organismien välillä rajoittamalla homologista DNA: ta spesifisillä restriktioentsyymeillä ja fragmentin pituuden polymorfismin analysointi geelielektroforeesilla ja blottauksella. Blottauskuviot ovat yksilöllisiä jokaiselle organismille ja luonnehtivat spesifisiä genotyyppejä.
Seuraavat vaiheet liittyvät RFLP: hen.
- Riittävän määrän DNA: n eristäminen näytteistä
- DNA-näytteiden fragmentointi spesifisillä restriktioendonukleaaseilla lyhyeksi sekvenssiksi
- Saatujen, eri pituisten fragmenttien erottaminen agaroosigeelielektroforeesilla.
- Geeliprofiilin siirtäminen kalvoon Southern-blottauksella
- Kalvon hybridisaatio leimattuilla koettimilla ja fragmentin pituuden polymorfismin analyysi kussakin profiilissa
RFLP: llä on useita sovelluksia, kuten perintösairauksien diagnoosi, genomin kartoitus, rikollisuuden tunnistaminen rikostutkinnoissa, isyyskokeet jne.
Kuva 02: RFLP-genotyypin määritys
Mitä eroa on RAPD: llä ja RFLP: llä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
RAPD vs. RFLP |
|
| RAPD on molekyylimarkkeri, joka perustuu satunnaisiin alukkeisiin ja PCR: ään. | RFLP on molekyylimarkkeri, joka perustuu eripituisten restriktiofragmenttien tuottamiseen. |
| Vaadittu näyte | |
| Pienet DNA-näytteet ovat riittäviä RAPD-analyysiä varten. | RFLP-analyysiin tarvitaan suuri määrä uutettua DNA-näytettä. |
| Aika | |
| RAPD on nopea prosessi. | RFLP on aikaa vievä prosessi. |
| Pohjustus | |
| Satunnaisia alukkeita käytetään ja samoja alukkeita voidaan käyttää eri lajeille. | Lajikohtaisia koettimia käytetään RFLP: ssä hybridisaatioon. |
| Luotettavuus | |
| Tekniikan luotettavuus on vähemmän kuin RFLP. | RFLP on luotettava tekniikka. |
| Blotting | |
| RAPD sisältää eteläisen blottauksen. | Southern blotting on yksi vaihe RFLP: stä. |
| Alleelisen vaihtelun havaitseminen | |
| RAPD ei pysty havaitsemaan alleelimuunnelmia. | Alleelivaihtelut voidaan havaita RFLP: llä. |
| Sekvenssitiedon tarve | |
| RAPD ei vaadi ennakkotietoja sekvenssistä. | Sondin suunnittelussa vaaditaan etukäteen sekvenssitiedot. |
| PCR | |
| PCR on mukana RAPD: ssä | PCR ei ole mukana RFLP: ssä. |
| Uusittavuus | |
| RAPD: n toistettavuus on heikko | RFLP: llä on korkea toistettavuus verrattuna RAPD: hen. |
Yhteenveto - RAPD vs. RFLP
RAPD ja RFLP ovat tärkeitä molekyylibiologiassa käytettyjä markkereita. Molemmat menetelmät pystyvät havaitsemaan organismien geneettisen vaihtelun. RAPD suoritetaan käyttämällä satunnaisia alukkeita. RFLP suoritetaan käyttämällä spesifisiä restriktioentsyymejä. Molemmat menetelmät tuottavat yksittäisille organismeille ainutlaatuisia DNA-profiileja. RAPD on mukana verrattain vähän vaiheita kuin RFLP. Mutta se tuottaa vähemmän luotettavia ja toistettavia tuloksia kuin RFLP. Tämä on tärkein ero RAPD: n ja RFLP: n välillä.
