Tärkein ero - AFLP vs. RFLP
DNA-tutkimuksilla on valtava merkitys filogeneettisten suhteiden ymmärtämisessä ja määrittämisessä, geneettisten sairauksien diagnosoinnissa ja organismin genomien kartoittamisessa. Useita DNA-analyyseihin liittyviä tekniikoita käytetään myös tietyn geenin tai DNA-sekvenssin tunnistamiseen tuntemattoman DNA-poolissa. Ne tunnetaan molekyylimarkkereina. Vahvistetun fragmentin pituuden polymorfismi (AFLP) ja rajoituksen fragmentin pituuden polymorfismi (RFLP) ovat kaksi sellaista molekyylimarkkeria (menetelmää), jotka on kehitetty molekyylibiologiassa havaitsemaan organismien välinen geneettinen vaihtelu. Molemmat menetelmät ovat yhtä tärkeitä ja niillä on etuja ja haittoja. Keskeinen ero AFLP: n ja RFLP: n välillä on se, että AFLP sisältää pilkotun DNA: n selektiivisen monistamisen, kun taas RFLP ei sisällä DNA-fragmenttien selektiivistä PCR-monistusta.
SISÄLTÖ
1. Yleiskatsaus ja tärkeimmät erot
2. Mikä on AFLP
3. Mikä on RFLP
4. Vertailu rinnakkain - AFLP vs. RFLP
5. Yhteenveto
Mikä on AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) on tärkeä työkalu molekyylibiologiassa ja sitä käytetään laajasti geneettisen variaation analyysissä. AFLP perustuu fragmentoidun genomisen DNA: n spesifiseen PCR-monistukseen ja polymorfismin havaitsemiseen autoradiografeilla geelielektroforeesilla. AFLP auttaa laajalti tunnistamaan geneettisiä eroja eri valtakuntien kannoissa tai läheisesti sukulaislajeissa, mukaan lukien kasvit, eläimet, bakteerit ja sienet. AFLP voidaan suorittaa pienillä määrillä tuntemattomia DNA-näytteitä. Se ei vaadi etukäteen sekvenssitietoa ja koettimien suunnittelua.
AFLP: n vaiheet
- DNA: n eristäminen
- DNA: n pilkkominen restriktioendonukleaaseilla
- Rajoitettujen DNA-fragmenttien ligaatio adaptereilla
- Fragmenttien selektiivinen monistaminen spesifisillä restriktiokohdilla
- PCR-tuotteiden erottaminen geelielektroforeesilla
- Geelimatriisin visualisointi autoradiografilla
AFLP on herkempi ja toistettavissa oleva menetelmä, jota voidaan käyttää useiden taksonien, mukaan lukien sienet, bakteerit, kasvit ja eläimet, DNA-profilointiin ilman etukäteen tietoa DNA-sekvensseistä. Se auttaa tunnistamaan pienet erot yksilöiden välillä populaatioissa sen erittäin herkän luonteen vuoksi. AFLP on tärkeä myös genomin kartoituksessa, rikostutkimuksissa, vanhempien testauksessa, genotyyppien määrittelyssä jne.
Kuva 01: AFLP
Mikä on RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) on tekniikka, jota käytetään havaitsemaan geneettiset variaatiot homologisissa DNA-sekvensseissä. Se on ensimmäinen menetelmä, joka on kehitetty DNA-profilointiin. Organismeilla on ainutlaatuiset DNA-sormenjäljet tai DNA-profiilit. RFLP toimii tärkeänä välineenä analysoimaan spesifisten tai läheisten organismien DNA-profiilien vaihtelua, koska homologisilla sekvensseillä on erilaisia restriktiokohtia (paikkoja), jotka ovat ainutlaatuisia tietylle organismille. Kun homologinen DNA pilkotaan spesifisillä restriktioendonukleaaseilla, se johtaa erilaisiin DNA-profiileihin, jotka ovat yksilöllisiä kullekin yksilölle. Siksi,Tämän menetelmän pääperiaatteena on geneettisen vaihtelun havaitseminen organismien välillä rajoittamalla homologista DNA: ta spesifisillä restriktioentsyymeillä ja fragmentin pituuden polymorfismin analysointi geelielektroforeesilla ja blottauksella. Blottauskuviot ovat yksilöllisiä jokaiselle organismille ja luonnehtivat spesifisiä genotyyppejä.
RFLP: n vaiheet
- Riittävän määrän DNA: n eristäminen näytteistä
- DNA-näytteiden fragmentointi spesifisillä restriktioendonukleaaseilla lyhyeksi sekvenssiksi
- Saatujen, eri pituisten fragmenttien erottaminen agaroosigeelielektroforeesilla.
- Geeliprofiilin siirtäminen kalvoon Southern-blottauksella
- Kalvon hybridisaatio leimattuilla koettimilla ja fragmentin pituuden polymorfismin analyysi kussakin profiilissa
RFLP on erittäin tärkeä tekniikka sairauden perinnön havaitsemisessa ja taudin esiintymisen riskin löytämisessä perheenjäsenten keskuudessa. RFLP: tä käytetään myös usein genomikartoituksessa, rikollisten tunnistamisessa rikosteknologiassa, isyyskokeissa jne. RFLP: llä on myös useita rajoituksia. RFLP edellyttää sekvenssitietojen ennakkotietoa koettimien suunnittelemiseksi hybridisaatiota varten. Se edellyttää myös riittävän määrän DNA: n eristämistä näytteestä analysointia varten, mikä on vaikeaa oikeuslääketieteellisissä tutkimuksissa.
Kuva 01: RRFLP-kartoitus
Mitä eroa on AFLP: llä ja RFLP: llä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
ALFP vs. RFLP |
|
| AFLP sisältää pilkotun DNA: n selektiivisen monistamisen. | RFLP ei sisällä PCR: ää, ellei se ole PCR-RFLP. |
| Sekvenssitieto | |
| Ennakkotietoja ei vaadita. | Suunniteltuihin RFLP-koettimiin vaaditaan etukäteen sekvenssitiedot. |
| Luotettavuus | |
| Tämä on luotettavampaa. | Tämä on vähemmän luotettavaa kuin AFLP. |
| Tehokkuus polymorfismin havaitsemisessa | |
| Tällä on suurempi hyötysuhde polymorfismin havaitsemisessa kuin RFLP: llä. | Tämä on vähemmän tehokasta kuin AFLP. |
| Kustannus | |
| Tämä on vähän kallista verrattuna RFLP: hen. | Tämä on halvempaa kuin AFLP. |
| Sovellukset | |
| AFLP: itä on sovellettu genomin kartoitukseen, DNA-sormenjälkien ottamiseen, geneettisen monimuotoisuuden tutkimuksiin, isyyden testaamiseen ja rikosteknologiaan | RFLP-analyysi on tärkeä työkalu genomikartoituksessa, geenien lokalisoinnissa geneettisten häiriöiden varalta, sairauden riskin määrittämisessä ja isyyden testauksessa. |
Yhteenveto - AFLP vs. RFLP
AFLP ja RFLP ovat kahta tekniikkaa, joita käytetään geneettisinä markkereina arvioitaessa monimuotoisuutta ja arvioitaessa geneettisiä suhteita molekyylibiologiassa. AFLP toimii tehokkaana ja herkänä menetelmänä geneettisen polymorfismin havaitsemiseksi organismien välillä kuin RFLP. Vaikka molemmilla menetelmillä on erilainen hyötysuhde geneettisten variaatioiden havaitsemisessa, niitä käytetään silti DNA-sormenjälkien ottamiseen ja tautien diagnosointiin.
