Keskeinen ero kemoorganotrofien ja kemolitotrofien välillä on se, että kemoorganotrofit ovat organismeja, jotka saavat elektroneja orgaanisista yhdisteistä, kun taas kemolitotrofit ovat organismeja, jotka saavat elektroneja epäorgaanisista yhdisteistä.
Elävät organismit voidaan ryhmitellä useisiin luokkiin suhteessa ravitsemustilaan energialähteen ja hiilen perusteella. Energialähteitä on auringonvaloa ja orgaanisia yhdisteitä. Vastaavasti on olemassa kahden tyyppisiä hiilen lähteitä: epäorgaaninen hiili ja orgaaninen hiili. Neljä pääryhmää ovat fotoautotrofit, fotoheterotrofit, kemoautotrofit ja kemoheterotrofit. Lisäksi ekvivalentin pelkistämisen ensisijaisen lähteen perusteella on olemassa kaksi luokkaa: organotrofit ja litotrofit. Kemoorganotrofit ja kemolitotrofit ovat kaksi ryhmää, jotka käyttävät kemiallisten yhdisteiden hajoamisesta peräisin olevaa energiaa. Mutta ne eroavat toisistaan elektronin luovuttajan perusteella. Elektronidonorin lähde ovat orgaaniset yhdisteet kemoorganotrofeissa, kun taas pelkistävän ekvivalentin lähde on epäorgaaninen kemolitotrofeissa.
