Keskeinen ero bioreaktorin ja fermentorin välillä on suljettujen astioiden sisällä tapahtuva biokemiallinen reaktio. Bioreaktori helpottaa kaikenlaisia biokemiallisia reaktioita, mutta fermentori helpottaa vain fermentointia.
Biotekniikan soveltaminen teollisuudessa on mielenkiintoinen tieteenala. Nämä sovellukset vaihtelevat mikrobisovelluksista eläinperäisiin sovelluksiin. Lisäksi biotekniikan teolliset sovellukset vaihtelevat pääalueilla, kuten maataloudessa, lääketieteessä ja eri toimialoilla. Bioreaktorit ovat suljettuja astioita, joissa luodaan tarvittavat olosuhteet erityyppisten biokemiallisten reaktioiden helpottamiseksi. Fermentorit kuuluvat bioreaktorien ryhmään, mutta se on tarkoitettu vain fermentaation suorittamiseen.