Keskeinen ero hemosyaniinin ja hemoglobiinin välillä on se, että hemosyaniini on kuparia sisältävä solunulkoinen hengityspigmentti joissakin selkärangattomissa verissä, kun taas hemoglobiini on rautaa sisältävä solunsisäinen hengityspigmentti selkärankaisissa veressä.
Aerobisissa organismeissa kaasunvaihto tapahtuu veressä olevien metalloproteiinien kautta. Siksi hemosyaniini ja hemoglobiini ovat kaksi metalliproteiinia, jotka helpottavat kaasunvaihtoa selkärangattomissa eläimissä ja vastaavasti selkärankaisissa eläimissä. Hemosyaniini on kuparia sisältävä hengitysteiden pigmentti, joka on suspendoitunut selkärangattomien hemolymfiin. Sitä vastoin hemoglobiini on rautaa sisältävä hengityspigmentti, joka on sitoutunut selkärankaisten punasoluihin. Hapetettu hemosyaniinin muoto on sinistä. Mutta hapetettu hemoglobiinin muoto on väriltään kirkkaan punainen.
