Tärkein ero koputuksen ja pudotuksen välillä perustuu menetelmään, jota käytetään siirtogeenisen organismin luomiseen. Geenin koputuksessa tapahtuu uuden geenin insertio, kun taas geenin poistossa tapahtuu olemassa olevan geenin poistaminen siirtogeenisen organismin luomiseksi.
Siirtogeeniset organismit ovat organismeja, joilla on muuttunut geneettinen rakenne. 'Rekombinantit organismit' on niiden synonyymi. Useimmissa tapauksissa siirtogeenisillä organismeilla on hyödyllisiä ominaisuuksia. Kun luodaan siirtogeenisiä organismeja, geeneistä tulee kohde. Tarpeiden mukaan geeni voidaan lisätä tai poistaa. Geenin koputtaminen viittaa uuden geenin käyttöönottoon, kun taas geenin pudotus viittaa geenin poistamiseen.
