Keskeinen ero antigeenin ja patogeenin välillä on, että antigeeni on vieras aine, toksiini tai molekyyli, joka voi stimuloida immuunivastetta tuottamaan vasta-aineita sitä vastaan, kun taas patogeeni on organismi, erityisesti mikrobi, joka tartuttaa kehoamme ja aiheuttaa sairauksia.
Taudinaiheuttajat ovat vieraita organismeja, jotka aiheuttavat sairauksia isäntäkasveissa ja eläimissä. Antigeeni on molekyyli, joka sijaitsee bakteerien soluseinässä tai organismien päällysteessä. Antigeeni saa immuunijärjestelmämme tuottamaan vasta-aineita sitä vastaan ja suojaamaan kehoamme haitallisilta vierailta organismeilta.
