Tärkein ero - käyttöturvallisuustiedotteen sivu vs. alkuperäinen sivu
SDS ja alkuperäinen sivu ovat kahden tyyppisiä polyakryyliamidigeelielektroforeesitekniikoita, joita käytetään molekyylibiologiassa. Tärkein ero SDS-sivun ja alkuperäisen sivun välillä on käytetty polyakryyliamidigeeli. SDS Page: ssä käytetään denaturointigeeliä, joten molekyylit erotetaan niiden molekyylipainon perusteella. Sen sijaan Native Page: ssä käytetään ei-denaturoivia geelejä. Siksi molekyylit erotetaan niiden koon, varauksen ja muodon perusteella.
Polyakryyliamidigeelielektroforeesissa (sivu) käytetään geeliä, joka on valmistettu polymeroimalla akryyliamidimonomeerejä metyleenibisakryyliamidilla. Polyakryyliamidi on sitkeämpi ja lämpöstabiilisempi kuin agaroosi. Polyakryyliamidigeeleillä on pienempi huokoskoko, mikä mahdollistaa proteiinien tehokkaan erottamisen. Sivumäärityksiä on kahta päätyyppiä: SDS-sivu ja Natiivisivu. SDS-sivu- tai natriumdodekyylisulfaatti-polyakryyliamidigeelielektroforeesi erottaa proteiinit niiden molekyylipainon perusteella. Denaturointigeelejä käytetään SDS-sivulla. Native Page käyttää ei-denaturoivia geelejä ja erottaa proteiinit niiden koon, varauksen ja muodon (3D-muodon) perusteella.
SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeinen ero
2. Mikä on käyttöturvallisuustiedotteen sivu
3. Mikä on alkuperäinen sivu
4. SDS-sivun ja alkuperäisen sivun yhtäläisyydet
5. Vertailu vierekkäin - käyttöturvallisuustiedotteen sivu vs. oma sivu taulukkomuodossa
6. Yhteenveto
Mikä on käyttöturvallisuustiedotteen sivu?
SDS Page on yleisin elektroforeettinen tekniikka, jota käytetään proteiinien erottamiseen niiden molekyylipainon perusteella. Geeli valmistetaan lisäämällä SDS: ää (natriumdodekyylisulfaatti), joka on pesuaine. SDS proteesit proteiineja monomeereiksi. SDS on anioninen pesuaine. Siksi se lisää negatiivisen nettovarauksen proteiineille laajalla pH-alueella. Kun proteiinimolekyyleille annetaan negatiivinen nettovaraus, monimutkaiset rakenteet hajoavat varauksen vaihtelun takia. Negatiivisen varauksen ansiosta proteiinit houkuttelevat kohti positiivista päätä. Siten molekyylit, joilla on pienempi molekyylipaino, kulkevat nopeammin geelimatriisissa ja voidaan havaita lähellä anodia, kun taas korkeamman molekyylipainon proteiinit havaitaan lähempänä kuoppia.
Kuva 01: KTT-sivu
SDS: n sitoutuminen polypeptidiketjuun on verrannollinen sen suhteelliseen molekyylimassaan. Siksi molekyylimassa voidaan määrittää myös SDS: n kautta. SDS Page -geelien värjäys tehdään bromifenolisinivärjäyksellä. SDS-sivualueen sovellukset suuremmassa määrin, missä sitä voidaan käyttää suhteellisen molekyylipainon arvioimiseksi ja proteiinien suhteellisen runsauden määrittämiseksi proteiiniseoksessa. SDS-sivua voidaan käyttää myös proteiinijakauman määrittämiseen proteiiniseoksessa. SDS-sivua käytetään myös proteiinien puhdistamiseen ja arviointiin. Sitä käytetään alustavana menetelmänä Western blottauksessa ja hybridisaatiossa, jota puolestaan käytetään proteiinikartoitukseen ja tunnistamiseen.
Mikä on Native Page?
Alkuperäisessä polyakryyliamidigeelielektroforeesissa (Native Page) käytetään ei-denaturoivaa geeliä. Siksi SDS: ää tai mitä tahansa muuta denaturointiainetta ei lisätä geelimatriisiin. Alkuperäisellä sivulla proteiinien erottaminen perustuu proteiinin varaukseen ja kokoon. Siksi proteiinin liikkuvuus riippuu proteiinin varauksesta ja koosta.
Proteiinin varaus riippuu aminohappojen sivuketjuista. Jos sivuketjut ovat negatiivisesti varautuneita, proteiini saa kokonaisnegatiivisen varauksen ja päinvastoin. Proteiinit säilyttävät 3D-muodon tapahtuvan taittumisen vuoksi. Taittuminen johtuu proteiinien useista sidostyypeistä, kuten disulfidisidoksista, hydrofobisista vuorovaikutuksista ja vetysidoksista. Siksi, jos natiivia sivua kuljetetaan neutraalissa pH: ssa, proteiinit erotetaan proteiinin molekyylimuodon mukaan. Siksi Native Sivua voidaan käyttää herkänä tekniikkana proteiinin varauksen tai konformaation muutoksen havaitsemiseksi.
Natiivisivun tärkein etu on, että Sivuanalyysiin käytetty proteiini voidaan ottaa talteen alkuperäisessä tilassa Sivuanalyysin jälkeen, koska proteiini ei häiriinty prosessin aikana. Native Page on suhteellisen korkean suorituskyvyn tekniikka, ja proteiinin stabiilisuus lisääntyy.
Kuva 02: Alkuperäinen sivu
Geeliajon päättymisen jälkeen Native Page -geeliä voidaan tarkastella värjäämällä bromifenolisinisellä tai millä tahansa muulla sopivalla värjäysreagenssilla. Alkuperäisen sivun sovelluksiin sisältyy happamien proteiinien erottaminen, mukaan lukien glykoproteiinit, kuten ihmisen rekombinantti erytropoietiini, tai naudan seerumin albumiinissa (BSA) läsnä olevien proteiinien tunnistaminen.
Mitkä ovat SDS-sivun ja alkuperäisen sivun yhtäläisyydet?
- Sekä SDS Page- että Native Page -järjestelmät käyttävät polyakryyliamidigeeliä geelin matriisina.
- Molempia käytetään proteiinien erottamiseen ja tunnistamiseen.
- Molemmat käyttävät elektroforeettista liikkuvuutta yhdisteiden erottamiseksi.
- Molemmat voidaan tehdä pysty- tai vaakasuunnassa (enimmäkseen pystysuorina sivuasetuksina, koska juoksupituus on enemmän).
- Elektroforeesilaite, joka sisältää geelisäiliön, kammat, virtalähteen tarvitaan molempien tekniikoiden toimintaan.
- Geeli voidaan visualisoida värjäysmenetelmillä molemmissa tekniikoissa.
Mikä on ero SDS-sivun ja alkuperäisen sivun välillä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
KTT-sivu vs. alkuperäinen sivu |
|
| SDS-sivu tai natriumdodekyylisulfaattisivu erottaa proteiinit niiden molekyylipainon perusteella ja käyttää denaturointigeeliä. | Native Page käyttää ei-denaturoivia geelejä ja erottaa proteiinit niiden koon, varauksen ja muodon (3D-muodon) perusteella. |
| Geelin tyyppi | |
| SDS-sivulla käytetään denaturointigeeliä. | Natiivisivulla käytetään ei-denaturoivaa geeliä. |
| Käyttöturvallisuustiedotteen olemassaolo | |
| SDS on läsnä pesuaineena negatiivisen varauksen antamiseksi näytteelle SDS-sivulla. | Käyttöturvallisuustiedotetta ei ole natiivisivulla. |
| Erottamisen perusta | |
| Proteiinien erottaminen riippuu proteiinin molekyylipainosta SDS-sivulla. | Erottelu riippuu alkuperäisen sivun proteiinimolekyylin koosta ja muodosta. |
| Proteiinin stabiilisuus | |
| Proteiinin stabiilisuus on alhainen SDS-sivulla. | Proteiinin stabiilisuus on korkea natiivisivulla. |
| Alkuperäisen proteiinin palauttaminen | |
| Ei mahdollista, koska se on denaturoitu SDS-sivulla. | Mahdollinen natiivisivulla. |
Yhteenveto - käyttöturvallisuustiedotteen sivu vs. alkuperäinen sivu
SDS-sivu ja alkuperäinen sivu ovat kahden tyyppisiä polyakryyliamidigeelielektroforeesitekniikoita, joita käytetään proteiinien erottamiseen. SDS-sivu käsitellään pesuaineella nimeltä SDS. SDS antaa proteiinille kokonaisnegatiivisen varauksen, joka johtaa sitten proteiinin denaturoitumiseen. Siksi proteiinit erotetaan niiden molekyylipainon perusteella. Sen sijaan Native Page -tekniikka ei käytä mitään denaturointiainetta. Siten proteiinit joko erotetaan niiden koon tai muodon perusteella. Tämä on ero SDS-sivun ja natiivisivun välillä.
