Tärkein ero - tylsä vs tahmea loppuliitos
Rajoitusendonukleaasit ovat spesifisiä entsyymejä, jotka leikkaavat kaksijuosteisen DNA: n (dsDNA). Ne tunnetaan myös molekyylisaksina molekyylibiologiassa. Rajoitusentsyymit pystyvät tunnistamaan tunnistuskohteina tunnettujen dsDNA: n spesifiset lyhyet sekvenssit ja pilkkomaan fosfodiesteri- ja vetysidokset kaksoissäikeiden avaamiseksi. Näiden entsyymien pilkkomisen seurauksena DNA-fragmentteja tuotetaan erityyppisillä päillä, kuten tahmeat ja tylpät päät. DNA-ligaasi on entsyymi, jota käytetään molekyylibiologiassa kahden vierekkäisen DNA-juosteen liittämiseen muodostamalla uusia sidoksia. Vaihe tunnetaan ligaationa ja liitetyn DNA-pään tyypin mukaan niihin voidaan viitata tylpänä ligaationa ja tahmeana pääligaationa. Tärkein ero tylpän ja tahmean pään ligaation välillä on se, että tylppä pää ligaatio tapahtuu DNA-fragmenttien välillä, jotka sisältävät kaksi tylsiä päätä, kun taas tahmea pää ligaatio tapahtuu 5 'ja 3' ulokkeiden välillä. Tylpään pääligaatioon verrattuna tahmea pään ligaatio on tehokkaampaa ja vakaampaa.
SISÄLLYSLUETTELO
1. Yleiskatsaus ja avainerot
2. Mikä on tylppä pääligaatio
3. Mikä on tahmea loppulaajennus
4. Vertailu vierekkäin - tylppä vs. tahmea loppuviiva
5. Yhteenveto
Mikä on tylppä loppuviiva?
Jotkut restriktioendonukleaasit voivat leikata DNA: n päinvastaisissa emäksissä ja tuottaa tylsiä pääty-DNA-fragmentteja. Nämä entsyymit tunnetaan tylpinä leikkureina; ne pilkkoutuvat suoraan restriktiokohdan keskelle jättämättä yksisäikeisiä ulkonevia aluksia. Tylpät päät tunnetaan myös ei-ulottuvina päinä, koska niiden päissä ei ole 3 'ja 5' ulokkeita. Molemmat säikeet päättyvät pohjapareista tylpiin päihin. Yleisiä tylpää leikkaavaa entsyymiä ovat EcoRV HaeIII, AluI ja SmaI.
Tylpän pään ligaatio tapahtuu kahden tylpän pään välillä. Se ei ole ulkonevien emästen ligaatio. Tämä ligaatio on vähemmän tehokas kuin tahmea pääligaatio. Joissakin tapauksissa tylpän pään ligaatio tulee kuitenkin edullisemmaksi kuin tahmea pään ligaatio, erityisesti PCL-tuotteiden ligaation yhteydessä. PCR-tuotteita valmistetaan aina tylpillä päillä. Tylpän pään ligaatio ei vaadi komplementaarisia päitä DNA: ssa ligaatiota varten.
Kuva 01: Tyhmä lopputuotanto Eco RV -entsyymillä
Mikä on tahmea loppuviiva?
Jotkut restriktioendonukleaasit pystyvät leikkaamaan dsDNA: ta jättäen päähän ulospäin jääneen yksijuosteisen DNA: n. Nämä päät tunnetaan tahmeaina tai ulkonevina päinä. Tahmean pään ligaatio tapahtuu kahden DNA-fragmentin välillä, jotka sisältävät yhteensopivia ulokkeita, koska tahmeat päät ovat parittamattomien emästen kanssa ja vaativat komplementaarisia emäksiä sidosten muodostamiseksi. Siksi on välttämätöntä käyttää samaa restriktioentsyymiä molemmille DNA-lähteille vastaavien ligoivien fragmenttien tuottamiseksi.
Tahmean pään ligaatio on tehokkaampaa ja on usein erittäin toivottavaa kloonausprosesseissa. On olemassa useita restriktioentsyymejä, jotka tuottavat tahmeat päät. Ne ovat EcoRI, BamHI, HindIII jne.
Kuva 02: Tahmea lopputuotanto Eco RI -entsyymillä
Mitä eroa on tylpällä ja tahmealla loppuviivauksella?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
Blunt vs Sticky End Ligaatio |
|
| Tylpän pään ligaatio tapahtuu kahden tylpän DNA-fragmentin välillä. | Tahmean pään ligaatio tapahtuu kahden sopivan DNA-fragmentin välillä, joilla on tahmeat päät. |
| Entsyymit | |
| Tylpät päätyleikkurit tuottavat tylpät päät. | Tahmeat päätyleikkurit tuottavat tahmeat tai yhtenäiset päät. |
| Vaatimus vastaavuuksien päättymisestä | |
| Se ei vaadi yhteensopivia fragmentteja tai täydentäviä emäksiä. | Pohjaparien muodostamiseksi se vaatii päistä täydentäviä emäksiä. |
| Tehokkuus | |
| Se on vähemmän tehokas kuin tahmea pääligaatio | Se on tehokkaampaa kuin tylppä pääligaatio. |
Yhteenveto - Blunt vs Sticky End Ligation
Rajoitusendonukleaasit pystyvät pilkkomaan dsDNA: n ja tuottamaan DNA-fragmentteja, joilla on erilaiset päät. He tunnistavat spesifiset sekvenssit ja rajoittavat DNA: ta luomalla tahmeat ja tylpät päät. Tahmissa päissä on parittomat pohjat fragmenttien päässä. Tylpät päät syntyvät suoran pilkkomisen takia ja niiden päissä on pohjaparit. Tahmean pään ligaatio vaatii kaksi komplementaarista yksijuosteista DNA-kappaletta. Tylpän pään ligaatio tapahtuu kahden tylpän pääfragmentin välillä. Tämä on ero tylpän ja tahmean ligaation välillä.
