Keskeinen ero fagolysosomin ja fagosomin välillä on se, että fagolysosomi on sytoplasminen runko, joka muodostuu fagosomin sulautumisesta lysosomiin. Samaan aikaan fagosomi on vesikkeli, joka muodostuu fagosytoosin aikana fagosyyttisen solun nielemien hiukkasten ympärille.
Fagosytoosi on puolustusmekanismi, jota käytetään tietyissä soluissa tai organismeissa vieraiden hiukkasten poistamiseksi kehosta. Fagosyytit ovat soluja, jotka suorittavat fagosytoosia. Fagosyytit ovat valkosolujen tyyppejä, erityisesti veressä läsnä olevia neutrofiilejä, monosyyttejä ja makrofageja. Nämä solut suojaavat kehoa havaitsemalla vieraita hiukkasia, kuten bakteereja, toksiineja, kuolleita ja kuolevia somaattisia soluja jne. Fagosyytit nielevät ja tuhoavat ne. Fagosytoosi on eräänlainen endosytoosi. Fagosytoosin avulla kiinteät hiukkaset sisäistyvät rakenteeksi, jota kutsutaan fagosomiksi. Kun ne ovat loukussa fagosomissa, ne sulautuvat lysosomien kanssa ja muodostavat fagolysosomeja. Sitten käyttämällä lysosomihydrolaasientsyymejä fagosomin sisällä olevat partikkelit hajoavat ja tuhoutuvat.
