Tärkein ero - Alpha Helix vs Beta Pleated Sheet
Alfa-heliksit ja beeta-laskostetut levyt ovat kaksi yleisimmin esiintyvää sekundäärirakennetta polypeptidiketjussa. Nämä kaksi rakennekomponenttia ovat polypeptidiketjun taittamisen ensimmäiset päävaiheet. Tärkein ero Alpha Helixin ja Beta Pleated Sheetin välillä on niiden rakenteessa; heillä on kaksi erilaista muotoa tietyn työn tekemiseen.
Mikä on Alpha Helix?
Alfa-kierukka on aminohappotähteiden oikeakätinen kela polypeptidiketjussa. Aminohappotähteiden alue voi vaihdella 4 - 40 tähteen välillä. Yläkäämin C = O-ryhmän hapen ja alemman kelan NH-ryhmän välillä muodostuneet vetysidokset auttavat pitämään kelan yhdessä. Vetysidos muodostuu kutakin neljää aminohappotähdettä kohti ketjussa yllä olevalla tavalla. Tämä yhtenäinen kuvio antaa sille selvät piirteet, kuten kelan paksuuden, ja se määrää jokaisen täydellisen käännöksen pituuden kierreakselia pitkin. Alfa-heliksirakenteen vakaus riippuu useista tekijöistä.
O-atomia punaisella, N-atomia sinisellä ja vety-sidoksia vihreinä katkoviivoina
Mikä on beetalaskostettu arkki?
Beeta-laskostettua levyä, joka tunnetaan myös nimellä beeta-arkkina, pidetään proteiinien toissijaisen rakenteen toisena muotona. Se sisältää beeta-säikeitä, jotka on liitetty sivusuunnassa vähintään kahdella tai kolmella rungon vetysidoksella muodostaen kierteisen, laskostetun levyn, kuten kuvassa on esitetty. Beeta-juoste on polypeptidiketjun jakso; sen pituus on yleensä yhtä suuri kuin 3 - 10 aminohappoa, mukaan lukien runko laajennetussa vahvistuksessa.
4-juosteinen antiparalleelinen β-arkin fragmentti entsyymikataalaasin kiderakenteesta.
a) osoittavat antiparalleeliset vetysidokset (pisteviivat) peptidi NH- ja CO-ryhmien välillä vierekkäisissä säikeissä. Nuolet osoittavat ketjun suunnan, ja elektronitiheyden ääriviivat esittävät ei-H-atomeja. O-atomit ovat punaisia palloja, N-atomia ovat sinisiä ja H-atomit jätetään pois yksinkertaisuuden vuoksi; sivuketjut näytetään vain ensimmäiselle sivuketjun C-atomille (vihreä)
b) Edessä oleva näkymä kahdesta keskimmäisestä β-säikeestä
Beeta-laskostetuissa levyissä polypeptidiketjut kulkevat rinnakkain. Se saa nimen "laskostettu arkki" rakenteen aaltomaisen ulkonäön vuoksi. Ne ovat yhteydessä toisiinsa vetysidoksilla. Tämä rakenne antaa mahdollisuuden muodostaa enemmän vetysidoksia venyttämällä polypeptidiketjua.
Mitä eroa on Alpha Helix- ja Beta Pleated Sheetillä?
Alpha Helix- ja Beta-laskostettujen levyjen rakenne
Alpha Helix:
Tässä rakenteessa polypeptidirunko on tiukasti sidottu kuvitteellisen akselin ympäri spiraalirakenteena. Se tunnetaan myös nimellä peptidiketjun helikoidinen järjestely.
Alfa-heliksirakenteen muodostuminen tapahtuu, kun polypeptidiketjut kierretään spiraaliksi. Tämä antaa ketjun kaikille aminohapoille mahdollisuuden muodostaa vetysidoksia (sitoutuminen happimolekyylin ja vetymolekyylin välillä) toistensa kanssa. Vetysidosten avulla kierukka pitää kiinni spiraalin muodosta ja antaa tiukan kelan. Tämä spiraalimuoto tekee alfakierteestä erittäin vahvan.
Vetysidokset on merkitty keltaisilla pisteillä.
Beeta-laskostettu arkki:
Kun kaksi tai useampi polypeptidiketjun fragmentti päällekkäin toistensa kanssa muodostaen rivin vetysidoksista toistensa kanssa, voidaan löytää seuraavat rakenteet. Se voi tapahtua kahdella tavalla; yhdensuuntainen järjestely ja vastakkainen järjestely.
Esimerkkejä rakenteesta:
Alpha Helix: Kynnet tai varpaankynnet voidaan ottaa esimerkkinä alfa-heliksirakenteesta.
Beeta-laskostettu arkki: Höyhenten rakenne on samanlainen kuin beeta-laskostetun levyn rakenne.
Rakenteen ominaisuudet:
Alpha Helix: Alfa Helix -rakenteessa on 3,6 aminohappoa kierteen kierrosta kohti. Kaikki peptidisidokset ovat trans- ja tasomaisia, ja peptidisidosten NH-ryhmät osoittavat samaan suuntaan, joka on suunnilleen yhdensuuntainen kierukan akselin kanssa. Kaikkien peptidisidosten C = O-ryhmät osoittavat vastakkaiseen suuntaan ja ovat yhdensuuntaisia kierteen akselin kanssa. Kunkin peptidisidoksen C = O-ryhmä on sitoutunut peptidisidoksen NH-ryhmään muodostaen vetysidoksen. Kaikki R-ryhmät osoittavat helixistä ulospäin.
Beeta-laskostettu arkki: Jokainen beeta-laskostetun levyn peptidisidos on tasomainen ja sillä on trans-konformaatio. Viereisten ketjujen peptidisidosten C = O- ja NH-ryhmät ovat samassa tasossa ja osoittavat toisiaan kohti muodostaen vetysidoksen niiden välillä. Kaikki R-ryhmät missä tahansa ketjussa voivat vaihtoehtoisesti esiintyä arkin tason ylä- ja alapuolella.
Määritelmät:
Toissijainen rakenne: Se on taittuvan proteiinin muoto johtuen vetysidoksesta sen runkoamidi- ja karbonyyliryhmien välillä.
