Keskeinen ero bakterioklorofyllin ja klorofyllin välillä on se, että hapettomilla fototrofeilla, kuten purppurabakteereilla, heliobakteereilla ja vihreillä rikkibakteereilla, jne. On bakterioklorofyllejä, kun taas happisilla fototrofeilla, kuten vihreillä kasveilla, levillä ja syanobakteereilla, on klorofyllejä.
Fotosynteesiä on kahta tyyppiä; hapen fotosynteesi ja hapettoman fotosynteesi. Valosynteettisiä pigmenttejä on myös kahden tyyppisiä, kuten klorofylli ja bakterioklorofylli. Happipitoisilla fototrofeilla on klorofylli, kun taas hapettomilla fototrofeilla on bakterioklorofylli. Bakterioklorofylli ja klorofylli ovat rakenteeltaan samanlaisia. Mutta ne eroavat renkaan ympärillä olevista substituutioista ja fytolihännän pituudesta ja substituutioista. Klorofyylejä on neljää tyyppiä, kun taas bakterioklorofyylejä on seitsemää tyyppiä.