Tärkein ero AMPA- ja NMDA-reseptorien välillä on, että AMPA-reseptorin spesifinen agonisti on alfa-amino-3-hydroksyyli-5-metyyli-4-isoksatsolipropionihappo (AMPA), kun taas NMDA-reseptorin spesifinen agonisti on N-metyyli - D - aspartaatti (NMDA).
Glutamaattireseptoreita on kolme päätyyppiä. Niiden ero perustuu agonistiin, joka sitoutuu reseptorin aktivoitumiseen glutamaatin sitomiseksi. Glutamaatin sitoutuminen avaa ioniportit kanavat natrium- ja kaliumionien kuljettamiseen. Myös NMDA-reseptorit helpottavat kalsiumionien virtausta kalvon läpi.