Keskeinen ero positiivisen ja negatiivisen ionisaation välillä massaspektrometriassa on, että positiivinen ionisaatio muodostaa positiivisesti varautuneita ioneja, kun taas negatiivinen ionisaatio muodostaa negatiivisesti varautuneita ioneja.
Massaspektrometria tai MS on analyyttisen kemian tekniikka, joka mittaa ionien massa-varaussuhdetta. Tämän tekniikan lopputulos on massaspektri, joka näkyy intensiteettikaaviona. Lisäksi tämä käyrä piirretään massa-lataussuhteen funktiona. Massaspektrometriaan käytettävä laite on massaspektrometri. Kun otamme näytteemme tähän laitteeseen, näytemolekyylit ionisoituvat. Tässä oikean ionisaatiotekniikan valitseminen on erittäin tärkeää, koska sillä on suuri vaikutus lopputulokseen. Jos käytämme reagenssikaasua, esim. Ammoniakkia, se saa näytemolekyylien ionisaation muodostamaan joko vain positiivisia tai vain negatiivisia ioneja instrumentin asennuksesta riippuen.
