Tärkein ero patofysiologian ja patogeneesin välillä on se, että patofysiologia selittää tyypillisesti taudin aikana havaitut olosuhteet sekä organismin sisällä toimivat prosessit tai mekanismit, kun taas patogeneesi selittää taudin alkuperän ja kehityksen sekä onko tauti akuutti, krooninen vai toistuva.
Patofysiologia ja patogeneesi ovat kaksi samanlaista termiä, joita käytetään selittämään sairauden esiintyminen ja siihen liittyvät mekanismit ja ominaisuudet. Patofysiologia koskee taudin aikana havaittuja olosuhteita ja organismin sisällä tapahtuvia prosesseja. Patogeneesi keskittyy pääasiassa taudin alkuperään ja kehitykseen. Molemmat tutkimukset ovat tärkeitä taudin diagnosoinnissa ja sen leviämisen estämisessä.
